Il faut déjà savoir une chose, c'est que TC gère en continu un arrêt programmé sur canton, à partir du moment où le marqueur de ralentissement est déclenché.
Ceci veut dire que ton train à 50km/h ne ralentira pas dès l'activation du marqueur, TC tenant compte de la vitesse d'entrée dans le canton et du profil de vitesse de la loco... ainsi, il est fort possible que ton train lent ne commence à ralentir que 1m avant le marqueur d'arrêt...
Pour s'en rendre compte, il suffit de regarder ce qui se passe au niveau de la fenêtre de train pendant l'entrée dans le canton.
Pour adoucir les démarrages et les arrêts, il ne faut pas hésiter à mettre beaucoup d'inertie logicielle dans l'onglet "vitesse" des propriétés de la loco.
Si malgré tout, tu n'es pas satisfait du ralentissement, tu as la solution de former des groupes de trains (rapides, marchandises, etc...) et de mettre plusieurs marqueurs, affectés aux groupes correspondants.
J'ajouterais une petite remarque : il n'est pas très réaliste de faire entrer à 160 km/h, un train qui doit s'arrêter en gare... je ne prends pas souvent le train, mais je ne l'ai jamais vu. Ce serait une erreur de conduite avérée, qui risque de couter chère... même en pleine voie, la signalisation est faite pour que cela ne se produise pas... et TC agit aussi dans ce sens.