Bon, j'ai confirmation que le comportement que j'ai exposé ci-avant est bien conforme à celui attendu du logiciel.
Voir la réponse de Freiwald ici.
Il propose cependant une méthode pour éviter que le suivi de train ne perde les pédales avec les trains dont le profil de vitesse n'est pas réglé.
Il faut exclure les trains non profilé du champ d'application des marqueurs, via les conditions du marqueur.
Ce que j'implémenterai (peut-être) en créant un groupe de train pour les trains profilés.